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Olá,
Particularmente sou da tese que a melhor SO é a que você domina melhor. Porém nem sempre isso pode ser aplicado na prática pois às vezes há fatores fora da “nossa alçada”, mas vamos lá:
Custo/Benefício: Windows preço padronizado pelo mercado – Linux versões Enteprise tem um custo de no máximo USD$100,00 de licenciamento
Facilidade de uso: Windows realmente é mais intuitivo, porém a utilização de linhas de comando podem dar uma versatilidade maior para quem domina o SO e nesse caso, o Linux tem uma certa vantagem, mas é inegável dizer que o ambiente gráfico é mais amigável.
Suporte: Windows está convencionado com o padrão de mercado e no caso de Linux você até encontra empresas para isso, porém pode usar os fóruns que também tem um bom resultado.
Adicionais: Em ambos você vai encontrar adicionais, porém a quantidade de adicionais no Linux que podem ser utilizados gratuitamente é maior.
Segurança: Não vou criar polêmicas aqui….mas não lembro de muitos vírus para Linux….
Bom, acho que com isso já dá para começar a estudar melhor…
[]s Ishii