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Everson ,
Tenho exatamente a mesma situação que a tua conforme tu falou
“Hoje trabalho em uma empresa de desenvolvimento de software com vários clientes, e como não somos os responsáveis diretos pelas bases de dados deles nem sempre conseguimos garantir que a base esta de acordo com a versão do software.”
E aqui fazemos da seguinte forma
Temos uma base limpa – cópia do desenvolvimento onde em termos de estrutura está igual e para manter ela igual e sem sujeiras temos apenas uma pessoa que acessa essa base para rodar os scripts. Então quando há uma implantação nós tiramos uma cópia dela e baixamos no cliente. Após a implantação para manter a base “igual” ao nosso modelo enviamos junto com a versão do software um arquivo .sql que é executado no banco do cliente. Esse arquivo SQL é executado pela aplicação automaticamente toda vez que a nova versão do software vai para o cliente.
Espero ter ajudado
Souza