Existem 2 opções de Oracle Database XE:
* Oracle Database Express Edition 11g Release 2 for Windows x32
* Oracle Database Express Edition 11g Release 2 for Linux x64
Realmente pra Windows existe apenas a versão 32 bits, mas tem a versão Linux 64 bits.
Pelo que você relatou, estou supondo que atualmente você possui a aplicação da TOTVS na mesma máquina que o Oracle Database. O ideal é separar isso, na máquina da aplicação, utilize o sistema operacional solicitado pela TOTVS, e na máquina do banco você pode optar por Windows 32 bits ou Linutx 64 bits.
Como você está fazendo a importação? DataPump?