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VitorLeandroCom certeza as estatísticas devem estar atualizadas… Mas, vamos por partes.
Um custo menor, não quer dizer que a query irá retornar os dados mais rápidos… É preciso analisar mais afundo a query que você está com problema.
Full scans, nem sempre sao ruins. Verifique se voce precisa de todas as linhas das tabelas que fazem Full Scan. Se através do join, a tabela de origem corresponder a 10% ou menos da outra tabela, talvez um index sobre o campo onde o join é realizado melhore muito o custo, e o tempo, pois menos linhas precisaram ser lidas para gerar o resultado. Se for necessário varrer mais de 50% dessa tabela, provavelmente o FULL Scan é mais rápido.
Seu banco é enterprise? Se for, pode ser inserido o hint de paralelismo nas tabelas de Full Scan. Isso diminuira o tempo de resposta. Mas lembre-se, paralelismo é bom de ser utilizado quando já foram esgotadas estratégias menos custosas, devido gasto maior de processamento.