Se voce não possui uma relacao entre as tabelas tipo so altera uma parte do nome da table eu criaria uma tabela para mapear(relacionar) as tabelas entre os bancos
tipo
tabela1 tabela25
e via PL/SQL poderia executar os slqls para comparar sobre a table all_tab_cols onde table_name =’tabela1′ e depois como tem qual table essa tabela é no outro banco =’tabela25′ é possivel achar os campos.
voce pode fazer testes de campo por campo na ordem da original, verificar se tem o campo em outra posicao e tambem verificar se o campo exite e ir criando um log dentro de outra table para analisar depois.
Tu podes ter sérios problemas com diferencas entre triggers,procedures, e constraints caso alguma coisa tenha sido alterada.