Joao, a performace é o seguinte, vc estará lendo do disco processando e gravando em disco, creio que este processo seja lento mesmo, dependendo da sua query vc pode melhorar a performace para ler do disco e subir para memória, mas para escrever no disco não tem como vc fugir muito disso.
Outra coisa que sugiro vc fazer é verificar quanto de espaco em disco vc tem, pois 500 mil registros são bastante, gere um arquivo pequeno e calcule a estimativa do processo todo.
Outra coisa legal de se fazer é dividir este arquivo em outros menores para não se correr o risco de corrompe-los.
Vlw Leonardo Litz