Eu já tive um problema desse e tive que recriar o Enterprise Manager novamente, pois dentro do ORACLE_HOME ele gera uma pasta da seguinte forma:
nome_maquina.none_instancia
Se o nome da sua maquina é SRV001 e o nome da instancia PROD, sera criada uma pasta no ORACLE_HOME de SRV001.PROD.
Nesse local se encontra todos os arquivos de configuração do Enterprise Manager.
Para fazer a manutenção você vai ter que utilizar a ferramenta EMCA.
Se eu não me engano o comando que utilizei para recriar o enterprise Manager foi:
emca -config all db recreate
Mas de uma olhadinha antes !!! A ferramenta emca se encontra dentro do diretório BIN do ORACLE_HOME.
Espero te ajudado