Não sei como é que você usa os arquivos, mas assumindo que é ler um e gravar, ler o outro e gravar tem vários algorítimos possíveis:
Um deles é assim:
Abrir ArquivoC
i = 1
enquanto ArquivoA EOF faça
escreva ArquivoA[i] em ArquivoC
i = i + 1
fim enquanto
i = 1
enquanto ArquivoB EOF faça
escreva ArquivoB[i] em ArquivoC
i = i + 1
fim enquanto
escreva "00"em ArquivoC
Acho que é mais ou menos isso… Perdôem o algorítimo, ehehehe, as outras formas, incluem colocar tudo em vetor, ou em memória, ou jogar pra tabela, ou ler os arquivos textos como tabelas e ao final gravá-los. Mas tudo depende da lógica do negócio…